AfterEffectsのフィルタは基本的にC言語で書かれていますが、同じように作られているPhotoShopと比べてかなりスマートな設計になっています。
C言語で書かれているなりに、全体的にオブジェクトとして分割されている所が多く、メンテナンスもしやすい様に出来ています。
Photoshopと違って資料が少ないという欠点も持っていますが、英語と格闘する気合いさえ有れば全体的にはやりやすい相手と言えます。
正直、ここからはAfterEffectsのフィルタの作成法の解説になりますが、このドキュメントを読むためにはC言語のきちんとした理解が必要になります。
エキスパートである必要まではありませんが、マクロって聞いて「何それ?」と思った人はちょっと解説本読み直してきてください